<?php
if ($_SESSION['per_id'] == 1) {
    $ondeperfil = "AND per_id != '1'";
} else {
    $ondeperfil = "";
}
$res1 = sql("SELECT * FROM perfil WHERE sta_id='1' $ondeperfil ORDER BY per_nome");
while($linha1 = mysql_fetch_array($res1)) {
?>
<input name="per_id[]" type="checkbox" value="<?=$linha1['per_id'];?>" 
<?php if (count($per_id) > 0) { if (in_array($linha1['per_id'],$per_id)) { echo "checked"; } }?> /> <?=$linha1['per_nome'];?><br />
<?php } ?>